論争のさなかにある生態学者の小保方晴子さんは、疑惑を持たれている幹細胞についての論文を政府が出資する理研に要求された通りに撤回する意向はないと、小保方さんの弁護士が5月12日に発表した。理研はその論文の一部を小保方さんが改ざんしたと結論づけている。
「論文の撤回は、小保方さんが実験を一切行なわなかったということになり、ゆえに何も達成しなかったという意味になる」と三木秀夫弁護士は述べ、三木弁護士と小保方さんの別の弁護士が彼女の意向を5月10日に確認したと付け加えた。
理研は5月8日、小保方さんが論文の一部を改ざんしたという理研の結論を支持したと発表している。